关于永秀寺，寺院创建于庆长16年（1611年），由了现开山。
了现的俗名是后藤又兵卫永秀，据说是在京都出家成为僧侣。
从开山到之后第2代住持・了誓为止，寺院原本设置于熊本城下的坪井，但寺院在万治元年（1658年）因为洪水而流失。
6年后，宽文4年（1664年）第3代住持・霖雪时，因应马场村的后藤久右卫门基房的要求，而迁移到现在的位置。