含藏禅寺是起云山禅曹洞宗的寺院。
据说创建于镰仓时代，是代代高森城主的菩提寺（祠堂）。
关于名称的由来，据说藩主细川宜纪赠献了30石的领地支配权，九曜纹章以及亲自下笔的起云山匾额，因而称为“起云山含藏寺”。
其境内有高森城主高森伊予守惟直和家臣的坟墓，也有西国阿苏三十三所观音灵场第19号德观音堂。
传说含藏寺的观音能保佑早生贵子，以及儿童平安长大，因此这里祀奉着婴儿的人偶。
此外，境内有树龄800年，树围2.8米的巨大桂花树，以及出身熊本县的俳人们的俳句纪念碑。
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