關於永秀寺，寺院創建於慶長16年（1611年），由了現開山。
了現的俗名是後藤又兵衛永秀，據說是在京都出家成為僧侶。
從開山到之後第2代住持・了誓為止，寺院原本設置於熊本城下的坪井，但寺院在萬治元年（1658年）因為洪水而流失。
6年後，寬文4年（1664年）第3代住持・霖雪時，因應馬場村的後藤久右衛門基房的要求，而遷移到現在的位置。