含藏禪寺是起雲山禪曹洞宗的寺院。
據說創建於鎌倉時代，是貸貸高森城主的菩提寺（祀堂）。
關於名稱的由來，據說藩主細川宜紀贈獻了30石的領地支配權，九曜紋章以及親自下筆的起雲山匾額，因而稱為「起雲山含藏寺」。
占地內有高森城主高森伊予守惟直和家臣的墳墓，也有西國阿蘇三十三所觀音靈場第19號的觀音堂。
傳說含藏禪寺的觀音能保佑早生貴子，以及孩童平安長大，因此這裡祀奉著嬰兒的人偶。
此外，占地內有樹齡800年，樹圍2.8公尺的巨大桂花樹，以及出身熊本縣的徘人們其俳句紀念碑。
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