祭場阿蘇神社所奉祀的主祭神是健磐龍命。
根據傳說，神武天皇七十六年春二月卯日，健磐龍命由山城國前往阿蘇國，而後迎娶日子八井命的女兒・阿蘇都媛，被奉祀為阿蘇當地的神祇。