『含蔵禅寺』は、永平寺派曹洞宗のお寺ですが、もとは天台宗、西巌殿寺の山岳修験道場でした。創建は鎌倉時代と伝えられており、代々高森城主の菩提寺でした。

天正14年（1586年）、島津氏との戦いで高森城落城とともに高森氏が滅び、含蔵寺も廃寺同然となりましたが、貞亨3年（1686年）、中興第一世納明海禅師により、禅寺として復興しました。

約一万坪の境内は、高森城主・高森伊予守惟直、家老・武田大和守元実、近侍・三森兵庫守能国、歴代和尚のお墓をはじめ、十一面観音が安置された「阿蘇西国三十三カ所巡り」の第19番札所である観音堂、熊本県出身の俳人たちの句碑など、見どころいっぱいです。

また、境内のあちこちで珍しい野草を見ることができ、春はシャクナゲ、秋はウスギモクセイ（樹齢800年、幹回り2.8m）を楽しむことができます。