筑前の国の領主である黒田孝高・長政親子に仕えた後藤又兵衛基次の三男・永秀が出家した後、了現と名乗り、熊本城下の坪井に開基したのが浄土真宗本願寺派の『永秀寺』です。
慶長12年（1607年）に完成した熊本城に使用した材の残りを使用し、慶長16年（1611年）に建立されました。

開山後、第2代住職・了誓までは坪井に置かれていましたが、万治元年（1658年）、洪水のため寺が流失。6年後の寛文4年（1664年）、第3代住職・霖雪の際、馬場村の後藤久右衛門基房の求めに応ずる形で、現在の地（草部大字芹口）へ移築されました。
さらに昭和35年（1960年）12月、草部が火災に見舞われ、寺が消失。現在の御堂に建て替えられました。

また、17年かけて日本全土を実地測量し、初めての「実測による日本全図の作成」を成し遂げた伊能忠敬が、第8次測量の203日目、文化9年（1812年）6月21日（現7月29日）に草部南部入りした際、20数名の同行者が永秀寺に宿泊したという記録も残っている由緒あるお寺です。

秋には、境内にあるイチョウが黄色く色付き、とても美しいです。