에이슈지 절은 1611년에 창건했으며， 료겐 승려가 개산.
료겐의 속명은 고토마타베이 에이슈로， 교토에서 출가해 승려가 되었다고 전해집니다.
절은 개산 이후 제 2대 주지승인 료세이 때까지 구마모토 성 아래의 쓰보이에 있다가， 1658년에 홍수로 절이 유실.
6년 후인 1664년， 제 3대 주지승인 린세쓰 때 바바무라의 고토큐 에몬 모토후사의 요구에 따라 현재 자리로 이축되었습니다.